Des poussées de cyclosporose, une maladie causée par le parasite Cyclospora cayetanensis, se produisent chaque année aux États-Unis, et cet été n'y fait pas exception. Les gens deviennent infectés à la Cyclospora en consommant des aliments ou de l'eau contaminés avec ce parasite. La poussée qui a commencé le 1er mai 2018 offre un exemple typique : plus de 206 cas de cyclosporose confirmés en laboratoire ont été rapportés dans huit États du Midwest.
Source: CDC
À partir d'entrevues avec les patients, les enquêteurs ont retracé l'origine de la poussée à un mélange de salade ensaché. Cette poussée d'infections à Cyclospora rappelle l'importance de se conformer aux règles sur la sûreté des produits frais de la Food and Drug Administration et particulièrement aux principes de santé et d'hygiène pour les travailleurs.
Poussées précédentes de cyclosporose aux États-Unis
Des poussées de cyclosporose d'origine alimentaire ont été rapportées aux États-Unis depuis la moitié des années 90, en lien avec différents types de produits frais incluant des baies, des herbes et des légumes à feuilles.
L'une des poussées les plus importantes de l'histoire récente a eu lieu en 2019 quand 2408 cas de cyclosporose confirmés en laboratoire ont été rapportés au CDC par 37 États, le District de Columbia et la ville de New York entre le 1er mai et le 31 août. Au moins 144 personnes ont été hospitalisées ; aucun décès n'a été rapporté. Plusieurs foyers d'infection avec des cas associés à différentes sources ont été analysés par les autorités de santé publique des États, le CDC et la FDA.
En septembre 2018, le CDC a été averti de 250 cas d'infections à Cyclospora confirmées en laboratoire chez des individus de quatre États qui ont rapporté avoir consommé des plateaux de légumes pré-emballés comprenant des brocolis, des choux-fleurs, des carottes et une trempête à l'aneth. Un foyer distinct a été rapporté au CDC dans le même mois, représentant 511 infections dans 15 États et dans la ville de New York, en lien avec la consommation de salades d'une chaine de restauration rapide du Midwest.
Entre 2000 et 2017, au moins 39 poussées de cyclosporose d'origine alimentaire ont été rapportées aux États-Unis. Plus de 1700 personnes ont été infectées dans le cadre de ces 39 poussées. Des baies ont été identifiées comme la source de plusieurs d'entre elles.
Comment Cyclospora infecte les humains
On ne connaît pas encore bien le cycle de vie et les hôtes de Cyclospora. Il a été rapporté que dans certaines parties de l'Amérique centrale, les infections à Cyclospora pourraient être endémiques, c'est-à-dire qu'on trouve normalement un certain niveau d'infection, mais la plupart des gens développement une immunité. On ne sait pas si elles sont endémiques dans d'autres régions. Les individus affectés excrètent un « ovocyte », soit une sorte d'œuf. L'ovocyte de Cyclospora n'est pas infectieux au départ, mais une fois hors de son hôte, dans de l'eau ou des sols contaminés par des matières fécales, l'ovocyte développe la capacité d'infecter un hôte humain. Le processus de maturation prend au moins une semaine.
Les gens deviennent malades à partir d'une semaine après avoir consommé des aliments ou de l'eau contaminés avec l'ovocyte de Cyclospora. L'infection semble plus commune avec des aliments qu'avec de l'eau. On pense que les personnes infectées développent une immunité qui préviendra ou réduira la gravité des symptômes en cas de nouvelle infection.
Le diagnostic se fait par examen au microscope et/ou par test génétique d'un échantillon fécal. La plupart des individus combattent le parasite, mais cela peut prendre plus d'une semaine. Les symptômes de la cyclosporose incluent des malaises, de la fatigue, de la fièvre, des douleurs musculaires, et des symptômes gastrointestinaux incluant la diarrhée et/ou la constipation, la perte de l'appétit et de poids, des douleurs d'estomac, de la nausée et des vomissements, des ballonnements, des flatulences et/ou des éructations.
Contamination des aliments à Cyclospora
Les aliments sont contaminés lorsque des ovocytes développés sont déposés sur leur surface. Cela se produit quand une personne infectée, comme un travailleur agricole, fait ses besoins dans un champ au lieu d'utiliser des installations sanitaires approuvées comme des toilettes portables. Les ovocytes présents dans les selles de l'individu peuvent alors contaminer les cultures à l'occasion des événements météorologiques, de l'irrigation, de la récolte, du transport et/ou du nettoyage. Il est important de noter qu'un lavage de mains insuffisant après un passage aux toilettes n'est pas la seule cause de contamination des aliments.
Comment prévenir la contamination des cultures
La conformité au règlement de la FDA sur la sûreté des cultures (21 CFR §112) est importante car elle évite la contamination des cultures à Cyclospora. Des éléments clés du règlement ont trait à la santé et l'hygiène des employés, et à l'obligation pour eux d'utiliser des toilettes ou installations sanitaires approuvées. Parce qu'ils reçoivent des boni pour efficacité pendant les récoltes, les employés peuvent être tentés de gagner du temps en n'utilisant pas les installations sanitaires approuvées et en se soulageant dans les champs. Les employés de supervision ont la responsabilité de s'assurer que les travailleurs utilisent les installations sanitaires approuvées. Cela peut être fait en offrant des installations pratiques sur le lieu de travail et en donnant aux travailleurs suffisamment de temps pour les utiliser sans perdre leurs boni pour efficacité.
Les employés peuvent aussi être testés pour vérifier qu'ils ne sont pas infectés par le parasite. Les tests ne sont ni longs ni complexes et peuvent être effectués par un laboratoire de santé publique. Un traitement aux antibiotiques peut être administré pour éliminer le parasite. Les employés qui s'avèrent infectés peuvent être assignés à d'autres tâches que la manipulation des cultures ou supervisés de près pour vérifier qu'ils utilisent les installations sanitaires approuvées.
Des rapports récents ont signalé que l'eau d'irrigation, potentiellement contaminée avec des ovocytes, pouvait être un facteur de risque. Si cette eau entre en contact avec des aliments récoltés et prêts à manger, les consommateurs pourraient être infectés. De plus, l'eau contaminée utilisée pour laver et rincer les aliments pose elle aussi un risque de contamination des produits prêts à manger. Une mesure pour réduire ce risque est d'utiliser seulement de l'eau potable lors du lavage des cultures.
Méthode de détection de Cyclospora dans l'eau et les aliments
Après des poussées répétées de cyclosporose, la FDA s'est lancée dans le développement d'un test de détection de Cyclospora plus sophistiqué que les méthodes précédentes. En 2015, son Centre de la sûreté alimentaire et de la nutrition appliquée (CFSAN) a mis sur pied un programme de recherche sur les parasites d'origine alimentaire avec le but de créer une nouvelle méthode plus sensible de détection du parasite. La disponibilité de cette nouvelle méthode représente une avancée significative pour la capacité de la FDA à enquêter sur les poussées de cyclosporose et à identifier le parasite dans les aliments.
Le test de détection de Cyclospora dans les matières fécales développé par la FDA fait appel à l'extraction d'ADN. Une réaction en chaine par polymérase en temps réel (PCR) permet de répliquer et d'amplifier le DNA de Cyclospora afin d'accroître la sensibilité de la détection. Pour tester les aliments, la FDA a conçu des solutions de lavage qui améliorent la récupération des ovocytes de Cyclospora et la possibilité de détecter le parasite sur des cultures contaminées. Les ovocytes peuvent alors être testés avec la méthode décrite ci-dessus. Des tâches subséquentes sont nécessaires pour déterminer si l'ADN lié à une poussée est significativement différent de celui lié à une autre. Si les souches sont différentes, alors d'autres analyses seront requises pour déterminer si certaines souches sont plus courantes que d'autres.
Il est important de noter Cyclospora cayetanensis n'est pas la seule espèce de Cyclospora présente dans l'environnement. Il existe dans la nature d'autres espèces de Cyclospora qui n'infectent pas les humains. On ne sait pas encore si les méthodes de détection actuelle dans l'eau et les cultures peuvent différencier les différentes espèces de Cyclospora dans l'environnement. Cela a d'importantes implications réglementaires.
Une vision pour l'avenir
Le Center for Disease Control and Prevention (CDC) et la Food and Drug Administration (FDA) ont fait plusieurs tentatives pour mieux comprendre les facteurs qui contribuent aux infections à Cyclospora. Cependant, de nombreux cas de cyclosporose ne peuvent être reliés à une poussée, en partie à cause du manque d'outils d'identification moléculaire pour Cyclospora cayetanensis.
De nouvelles méthodes d'analyse en cours d'évaluation pourraient permettre d'effectuer un diagnostic différentiel des souches de Cyclospora si la diversité génétique est suffisante. Cela ouvrira la voie à une concentration plus rapide sur les foyers de la maladie et un traçage plus efficace dans les véhicules et sites de production alimentaires. Des évaluations environnementales seront possibles sur les lieux de la production afin de déterminer les voies de contamination et les solutions pour la prévention.
D'ici là, le mieux que l'on puisse faire est d'insister sur l'importance de se conformer au règlement sur la sûreté des cultures de la Food and Drug Administration, en particulier aux principes de santé et d'hygiène des travailleurs et aux règles concernant les eaux.
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